吞并埃及后，亚历山大再次获得了一个产粮基地，俗话说：“无农不稳，无商不活，无工不富，无才不兴。虽然埃及90%都是沙漠，但光一个尼罗河三角洲就有2.4万平方公里也就是3600万亩的耕地，可年产7000万塔兰特的粮食，可以养活1200万人。即使耕地不全用于种植粮食，在人口稀少的现在，也都可以养活大半个非洲的人了，不像两千多年后，埃及的人口增加了几十倍，粮食还得需要大量依靠进口。
亚历山大在临走之前抽调了埃及军队中最精锐的士兵组成了4000法老卫队，2000人是精锐长枪兵，2000人是使用复合弓的精锐弓箭手，他们身穿精致的埃及风格的鳞甲和头盔，战斗技巧极佳，单兵作战能力与他们的箭术同样出色。不但是优秀的长枪兵和弓箭手，又可以作为散兵使用。
回巴比伦后，亚历山大除了让士兵修养一阵之外，他开始继续整编新的部队之外，同时努力打造一些优良的战争器具。他从美索不达米亚、米底和埃兰的原波斯帝国的遗老遗少中吸取了5000人整编为一支波斯骑兵部队，由于这支骑兵是由原波斯贵族及后裔组成的精锐部队，精通各种战法，因此装备了梭镖、复合弓、长矛和骑兵剑，身穿轻便精良的全身锁子甲，适合发挥各种动作。
由于长弓手对士兵的体格要求极高，特别是弓体非常长，制弓时间非常长，材料也有限，因此无法使用长弓的士兵就大量装备了复合弓，他们要比其他欧洲的那些弓箭手要强不少。
接下来，亚历山大的目光望向了埃及以南，这块遍地是宝的地方。但他本人不会亲自出马，全都交给了小托勒密，原来的亚美尼亚总督之位则交给了弗拉阿特斯暂时兼带。他则是准备集结部队解决佩乌塞斯塔斯，然后直捣印度。
在古埃及统一前（公元前3100年），在尼罗河上游地区相继成立了一系列努比亚王国。在古埃及王国时期，埃及从努比亚进口黄金、象牙、鸵鸟毛和乌木。中王国时期，埃及大约在公元前1900年将疆土向南扩展到第二瀑布地区。努比亚人在第三瀑布以南、都城凯尔迈周边重新组织起来。然而，新王国时期开始不久，大约在公元前1500年，埃及人的直接统治延伸到越过第四瀑布的努比亚中心地带，目的可能为了进一步地控制该地区的贸易。埃及人沿着肥沃的尼罗河流域的狭窄带建造了市镇和殿庙。在埃及直接统治的500年期间，当地的努比亚统治阶层吸收了埃及文化的很多方面，包括宗教、语言和文字。
在古埃及新王国时期衰落之后，埃及人从努比亚撤了回来。在公元前1100年前后，当地的努比亚统治者得以重新确立他们自己的文化并重新宣布独立。他们在第四瀑布附近的纳帕塔建立了一个新的宗教和政治中心，并将帕纳塔定为首都，库施王国就这样建立了。王国区域涵盖第三瀑布以南，越过尼罗河洪泛平原区，勉强属于热带草原气候。库施的农业经济基础是在远离尼罗河的地区种植高粱、稷和养牛。
事实上，库施的统治者在文化上仍然是埃及化的，处处以埃及为榜样，他们与埃及之间的贸易不断，国王们也渐渐积累了财富和权力。公元前730年还进犯埃及并在底比斯获得了对埃及的控制权。他们在埃及统治了60余年，这段时期被称为第二十五王朝或埃塞俄比亚王朝时期。但这短短的60年，这些库施国王们彻底埃及化了，他们戴着上下埃及的双重王冠，崇拜埃及人的神灵，并在埃及殿庙中刻下自己的名字。
公元前670年，亚述人进犯下埃及，库施王廷又撤回了努比亚，从此再也没有回到过埃及。埃及在第二十六王朝时期的回光返照期间，曾一度于公元前593年派军队入侵到第四瀑布地区，并洗劫了纳帕塔。有鉴于埃及人的威胁，库施人不得不将行政中心转移到了南部小镇麦罗埃。
麦罗埃位于第五瀑布和第六瀑布之间的尼罗河左岸（东面），位于尼罗河和阿特拉巴河之间的平原地区被称为麦罗埃岛，这里夏季降雨非常丰沛，相对于纳帕塔地区，农业要发达的多，人们可以在这里种植热带谷物作物高粱和稷，而且可以通过灌溉扩大耕地面积。
在尼罗河下游的埃及洪泛平原上，土地的清理和翻耕不是问题，因此，人们不必非要用到铁制用具。但是，在第二瀑布上方，努比亚地界的尼罗河流段较为狭窄，因此可耕作的洪泛平原面积也就较小。人们意识到，纳帕塔没有充足的农业用地来供应给大量的农业人口。而麦罗埃岛属于热带夏季降雨地区，人们可以在这里种植热带谷类作物高粱和稷，人们在发展耕地的同时还放养牛羊等家畜。同时，麦罗埃人借助铁制工具，成功发展出一种类似于后世澳大利亚的混合型农业。
麦罗埃周围既盛产铁矿石又盛产制作木炭所需的硬木，而木炭正是炼铁所必需的。受亚述人入侵后，库施人认识到了铁器的重要性，强大的铁制武器让还处于青铜时代的库施人被打得屁滚尿流。其实早在公元前1000年前，乍得湖和大湖区（维多利亚湖）之间的地区的人就已经学会使用了铁器，可是在这相对闭塞的非洲大陆，各个文明之间相对独立，铁器文化的传播十分的缓慢。而库施人所在的东非文化圈和中非文化圈根本就是两个很独立的文化圈。
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