但是，这时候半路杀出一人，使局面急转直下。
正当明世宗无可奈何时，进士张璁独自上了个奏折，引经据典，来说明应该把兴献王尊称为皇考，嘉靖帝一看自己的想法有了理论基础‘龙颜大悦’立刻命司礼监宦官带着张璁的折子给内阁大臣看，说：“此议实遵祖训，拘古礼，尔等休得误朕！”杨廷和将折子一瞧，冷笑道：“新进书生，晓得甚么大体！”把折子又还了回去，明世宗很不高兴。
这时候兴献王妃蒋氏正在赶往北京的路上，已到了通州，听说朝廷上的议论后，愤慨的说：“是我亲生的儿子，为什么要认别人做父母亲？”不肯再上京了，于是嘉靖帝和文官集团又争论了很久，最后双方各让一步，把尊谁为父的问题先搁一下，而把慈寿皇太后（孝宗皇后）尊为昭圣慈寿皇太后，武宗皇后尊为庄肃皇后，嘉靖皇帝的亲生祖母皇太后邵氏尊为寿安皇太后，母亲兴献后尊为兴国太后，暂时平息了争论。
嘉靖二年，南京刑部主事桂萼忽然上奏，请嘉靖皇帝改称孝宗为皇伯考，兴献帝为皇考，兴国太后为圣母，明世宗见了大喜，召见桂萼和张璁，将旧话又重提起来，杨廷和见势头不好，就要求退休了，北京城里的官员们听说后更是激动，给事中张淛等人立刻弹劾张璁和桂萼两人有罪，大臣们纷纷跟着行动，于是张淛把大臣们的奏章汇集起来送给刑部，让他们把张璁等人罪名预先拟好，尚书赵鉴回答说：“若是皇上降旨定张璁他们的罪，马上就把他们杀了。”嘉靖帝听说后大怒，下旨把他们痛骂了一顿，立刻提升张璁和桂萼为翰林学士，翰林院随即炸了锅，翰林学士们表示不愿和张璁等人为伍，辞职信不断的飞到紫禁城里。
嘉靖帝见事情越闹越大，反而决心干到底，现在他觉得这个问题已经关系到他这个皇上有没有威信，将来说话文官们听不听的程度上来。
于是示意张璁等人再上奏折，坚决要将孝宗改称皇伯考。
但他还是低估了文官集团的胆量，大臣们得知嘉靖帝的计划，群情激昂，尚书金献民、少卿徐文华立刻说：“我们的奏折皇上一直不回答，肯定要改称孝宗为皇伯考了，此事不可不争。”吏部右侍郎何孟春义愤填膺：“宪宗的时候，议论给慈懿太后的徽号，大臣伏阙力争才挽回，今天又得这么办了。”大臣杨慎但觉一股浩然正气从心里直冒出来，振臂高呼道：“国家养士百余年，仗节死义，正在今日。”
于是大臣们一起说：“万世瞻仰，在此一举，今日谁不去力争，大家一起讨伐他。”
于是集中了京城大大小小的官员，有九卿二十三人，翰林二十二人，给事二十人，御史三十人，诸司郎官及吏部十二人，户部三十六人，礼部十二人，兵部二十人，刑部二十七人，工部十五人，大理寺属十二人，都跪在左顺门外，一起大呼高皇帝和孝宗皇帝，声震屋瓦，明世宗在文华殿听到声音，立刻派人劝说大臣们散去，大臣们根本不加理会，尚书金献民还把这件事告诉了内阁，大学士毛纪、石珤马上也去左顺门跟大家跪在一起。
从早晨到中午，嘉靖帝多次派人劝说大臣们不要再闹，没人理他，明世宗终于大怒暴怒加狂怒，命令锦衣卫逮捕带头的丰熙、张翀、余翱、余宽、黄待显、陶滋、相世芳、毋德纯八人，一律扔进监狱，杨慎、王元正于是摇晃着大门大哭，群臣们一齐哭号，振荡宫殿，全北京城都轰动了。明世宗愈怒，索性一不做，二不休，命记录所有这些大臣的姓名，抓住马理等一百三十四人，只有大学士毛纪、石珤，尚书金献民，侍郎何孟春等，命令退下等待处理，然后流放带头的八人，四品官以上夺俸，五品官以下廷杖，编修王相等十六人，因杖受伤，先后毕命。
大礼仪事件终于告一段落，嘉靖皇帝借用暴力手段才压服了群臣，但嘉靖皇帝和文官集团的裂痕，永久种下了。
嘉靖皇帝自从大礼仪事件后，对文官集团始终抱有不信任的态度，加上自己对道教的兴趣越来越大，于是在嘉靖年间的中后期，明世宗不再上朝，他将日常行政事务全部交给自己信任的大臣（夏言、严嵩、徐阶），但自己仍然牢固掌握着军国大事的最后决定权。
不过明世宗迷信道教却意外地为中华民族增添了新的光荣，因为明世宗道士掌管了太医院，一位刚进太医院不久的医生愤而辞职，云游四海去写他的医学着作，这个医生就是李时珍，他在世界医学领域和生物学领域内的地位，比起和他同时代的韩国‘大长今’也高不了多少，也就千儿八百倍吧。
但世宗并没有在求仙炼丹中平静的过完一生，在其晚年，一个默默无闻的户部主事海瑞向嘉靖皇帝递上了在中国历史上赫赫有名的奏疏，奏疏中指出，他是一个虚荣、残忍、媗自私、多疑和愚蠢的君主，举凡官吏贪污、役重税多、宫廷的无限浪费和各地的资匪浅炽，皇帝本人都应该直接负责，皇帝陛下天天和方士混在一起，但上天毕竟不会说话，长生也不可求致，这些迷信统统不过是“捉风捕影”，普天下的官员百姓，很久以来就认为你是不正确的了。
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