这样的奏疏确乎是史无前例的，往常臣下向皇帝作净谏，只是批评一种或几种政策或措施，这种指斥皇帝的性格和否定他所做的一切，等于说他这几十年的天子生涯完全是尸位素餐，而且连为人夫及人父的责任也没有尽到，其唐突之处，真的是古今罕有，任何一个专制君主都不会容忍这样的攻击，上疏者的下场不难预料，采用那种酷刑和牵连多少人君主完全可以自由决定，海瑞事先预料了自己的下场，平静的和家人诀别。
嘉靖皇帝读罢奏疏，自然怒火万丈，立刻把奏折往地上一摔，高叫：“抓住这个人，不要让他跑了！”旁边的宦官黄锦连忙跪奏：“万岁不必动怒，这个人向来就有痴名，听说他已自知必死无疑，所以他在递上奏本以前就买好一口棺材，召集家人诀别，仆从已经吓得统统逃散，这个人是不会逃跑的”，嘉靖皇帝听完后长叹一声，又从地上捡起奏本一读再读。
嘉靖皇帝暂时没有给予海瑞任何惩罚，但是把奏章留中不发，他的情绪显得很矛盾，有时把海瑞比做商朝忠臣比干，但自己不是纣王；有时又痛骂他为“那个咒骂我的畜牲”，他责打官女，宫女就会在背后偷偷地说：“他自己给海瑞骂了，就找咱们出气！”
过了几个月，嘉靖倒底气愤难平，下令锦衣卫把海瑞逮捕下狱，刑部建议：海瑞诅咒君主，如同儿子诅咒父亲，应该处以绞刑，然而嘉靖皇帝没有在刑部的建议上作任何的批复。
海瑞就在狱中住了十个月后，等到了嘉靖皇帝的死讯，随后海瑞立刻被释放出狱。
之前是无名的六品小官、之后却成了整个明帝国乃至中国人千秋万代的偶像。
《明史》中评价明世宗是中等才能的君主，然而要指出的是，明朝这条大船一直以来有皇帝和文官集团两个发动机，当武宗和世宗前期，虽然皇帝不理朝政，但文官在李东阳和杨廷和领导下仍然能够维持国家的运转，但是世宗任命的严嵩却因为其所作所为遭到文官的普遍憎恨而不能领导文官集团，加上世宗刚愎自用，爱听好话，使文官集团这一发动机也遭到了破坏。
好在明王朝很快迎来了自弘治中兴后的第二次中兴，有趣的是，这次中兴的前期领导者明穆宗是个平庸无奇的人，但可贵的是，他有自知之明。
3、只能装哑巴的隆庆皇帝
关于隆庆皇帝的记载很少，因为他从未作出任何重要的政治决定，大学士高拱后来回忆，皇帝智力平平、笨口拙舌，优柔寡断，经常不说话，有的大臣甚至以为自己的皇帝是哑巴。
一方面没有证据表明，隆庆皇帝是如何英明果断；另一方面，也没有证据表明，他智力迟钝。文官们有时拉他参加一些场面盛大的典礼中，想让隆庆皇帝的到场来使百官万民获得深刻印象。但是隆庆皇帝甚至不把在这种场合该说的套话说完，就让大学士们代他讲话。
隆庆皇帝显然对明朝制度和自己能力有明白认识，他即无力像孝宗那样勤劳、又不想象武宗那样离经叛道和世宗那样刚愎自用，他也知道自己手下的大学士徐阶、高拱、张居正都是精明强干又野心勃勃的人精，他不想让自己卷入大臣的人事斗争中去，于是他选择了默不作声。
但隆庆一朝的内政外交都有了进展，除了隆庆开关外，北方边疆又重现和平。
原来蒙古俺答汗娶了自己的外孙女三娘子，结果三娘子的未婚夫不答应，俺答只好把孙儿把汉那吉的未婚妻给了三娘子的未婚夫，把汉那吉大怒，投奔了明朝。
结果俺答的原配妻子恐怕她的孙儿被明朝杀掉，日夜不停地向俺答哭闹，俺答无奈，于是率领十万人前来要人，王崇古派人前去谈判和解，保证他的孙儿还活着，俺答不肯相信，差遣他的亲信到大同窥探，看见把汉那吉穿着蟒衣貂帽，和明朝军官们一起骑马，俺答大喜，和明朝相约和好了。
柏杨说明朝是‘断头政治’，但明穆宗统治时期的稳定和繁荣证明，国家事务可以没有皇帝的亲自指导而继续进行，明穆宗的无能或不愿干预国家事务，实际上使得有能力的大臣们干得更好。
明神宗继位时，年纪还小，国家大事完全由大学士张居正决定，张居正实际上行使了皇帝的职责，他可以指挥东厂和锦衣卫对贪官污吏进行调查；随时可以用以前只属于皇帝的权力进行惩罚，还对以往独立的都察院进行控制，以避免以前弹劾奏章满天飞的情况。
他不但起用水利专家潘季驯、名将戚继光、李成梁等人，还派人清量全国土地、创立‘一条鞭法’，而且利用科道以加强行政纪律，他要求科道官员们运用他们的弹劾权力支持他的计划，而不要在琐碎而肤浅的问题上互相攻击，张居正要求报告中提及的任何问题都必须在按时解决，他要求富人的欠税必须全部征收，盗匪必须全部捕获，还要求中央每月和每半年要总结任何没有完成的公务，不然长官就要受罚。
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