总之，张居正就象凤姐掌管宁国府一样，在不对行政机构进行改革的前提下，通过施加压力，使明朝的国家机构以惊人的高效进行运转。
同样，他也受到过惯了好日子的官僚们的憎恨。
4、坚决不上朝的万历皇帝
就在张居正励精图治时，万历皇帝由孩子变成了青年，这个在宫中的皇帝，有一次去慈宁宫，遇见一个宫女，宫女连忙向皇上请安，神宗叫她起来，见她面目端好，举止幽娴，问她姓名，宫女说她姓王，神宗仔细端详了一会，向她要水洗手，宫女端水过来，神宗见她双手苗条洁白，就叫周围人都下去，然后就（以下省略五百字）。
万历皇帝和其他任何人没有想到，这件事在将来会深刻地影响整个明王朝。
几个月后的一天，神宗的生母李太后突然命令宫中设宴，连陈太后（穆宗皇后）也一块前来入座，和神宗一起吃饭，席间突然说：“宫女王氏蒙皇上临幸，已经怀孕，神宗听了闹了个大红脸，口中还要抵赖，说是没有此事，李太后却把内起居簿录扔给神宗说：“你去看明，曾否妄载？”神宗无可抵赖，只好册封王氏为恭妃，王氏的孩子就是皇长子朱常洛。
不久张居正死了，官员们象拉车的马一样被他拿鞭子驱赶着累死累活工作了十年，早就怨气冲天，纷纷上奏折弹劾张居正作威作福、虚伪狡猾、霸道专横，这些大多不是事实，但正所谓“慌言重复一千遍就是真理”，加上万历想起自己的老师张居正曾经强迫自己严格的个人品行准则，过着俭朴生活，而老师自己却过着奢侈浪费的生活时，再也忍不住了，神宗下令籍没张居正的财产，并把他的几个儿子发戍边疆，张居正的长子也被逼自杀，同时，下诏公开指责张居正的罪恶，张居正的“罪恶行为”于死后被揭发对万历皇帝有深远影响，他不再相信任何人，除了他宠爱的郑贵妃。
万历十四年正月，郑妃生下一子，取名朱常洵。
开始，万历皇帝曾经想象张居正一样亲自掌管天下大事，但神宗很快发现，二十岁的自己缺乏政治经验，根本控制不了局面，御史们在奉旨清算张居正追随者时，胡言乱语地给任何自己看不惯的大臣扣一顶‘同党’的帽子，最后连万历皇帝也看不下去了，他愤怒地质问御史们：“如果皇帝任命的人都不中他们的意，都是贪官污吏，那他们推荐几个清官和忠臣呀？”这些以忠诚勇敢闻名的御史们哑口无言，的确，除了指责别人外不做任何事的人永远不会出错。
万历皇帝很快对国务感到厌倦，但真正导致明朝统治集团四分五裂的是‘争国本’（立谁为太子）事件。
万历皇帝最宠爱的无疑是郑贵妃，传说郑贵妃父亲因为家里贫苦，曾将女儿许给一位秀才做妾，临别时父女相对抱头痛哭，秀才好心，看这情形大为不忍，情愿不要人，也不索还聘礼，郑贵妃感激万分，入宫得了宠幸，就告诉神宗说：“妾非某孝廉，哪得服侍陛下？”神宗就把秀才提拔为县令，几年后又当上了盐运使。
郑贵妃活泼大胆，敢于挑逗和嘲笑皇帝，同时又倾听皇帝的诉苦，鼓励皇帝增加信心，曾对皇上撒娇说：“陛下，您真是一位老太太！”
的确，神宗总的来说是个宽厚的人，在他统治时期，很少让厂卫特务骚扰官吏和百姓。
郑贵妃生子后，万历皇帝立刻册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上。
子以母贵，常询超越常格而立为皇储，就可以顺理成章，然而在绝大部分文官看来，这是以幼苗长，自然不合于伦常之道，大学士申时行等人因为皇长子常洛已经五岁，生母王恭妃尚未加封，而郑贵妃甫生皇子，即晋封册，明显见得郑贵妃专宠，将来定有废长立幼的事情，遂上疏请册立东宫，以尊宗庙，重社稷。
万历皇帝软弱无能，不敢公开说明他的意图，找出种种借口，第一个借口是常洛年纪太小，经不起各种典礼的折磨；第二个借口是立储大计属于皇帝的权力，不容许别人插手，但文官们不肯罢手，神宗在和大臣们往来争辩之际，又突然别作心裁地同日册封三个儿子为王而不册封太子。臣僚们不接受这个办法，万历皇帝又找出了第三个借口，即皇后年纪尚轻，仍有生育的可能；如果皇后生下儿子，那就是当然的太子而用不着任何争议了。
这种种借口全都无效，言官愈加激烈，你上一疏，我奏一本，统是指斥宫闱，攻击执政。
被触怒了的皇帝下令责打进谏的官员们和泄漏消息的宫廷人员以进行报复，但这无济于事。这时郑贵妃父亲郑承宪为去世的父亲请封，神宗准备封他个伯爵，礼部以历代贵妃向无祖父封伯爵的故事驳回，神宗只好自己拿五百两白银给爱妃父亲了事。
文官们卷入了“国本”的争论，因为他们必须选择两个皇子中的一个作为他们未来的主人；他们从过去的经验中知道，错误的一步，即使这时无声无息，当继位问题最终确定以后，也可能断送他们自己的生命乃至亲友九族。
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